《候鸟e人》以候鸟迁徙为隐喻，展开了一段充满自然气息与情感纠葛的故事。剧集围绕小青、邵韩和湘子三位主角展开，他们都是关心候鸟生态的年轻人，因共同的理念而相遇在七股湿地。邵韩与小青最初因生态保护工作结缘，两人在观察候鸟、守护湿地的过程中逐渐产生感情，频率相近的他们仿佛天生同伴。

然而，湘子的出现让这段关系变得复杂。湘子同样与邵韩频率契合，三人之间形成了微妙的情感三角。剧情随着候鸟的迁徙路径推进，从宁静的湿地到马祖的无人小岛，再来到快节奏的台北都市，场景变换象征着人物关系的流动与成长。在追求唯一性的爱情里，每个人都面临着得到与失去的抉择。

剧集不仅描绘浪漫爱情，更深入探讨了生态保护的主题，将人物情感与自然环保紧密结合。候鸟的飞翔路径成为人生旅程的映照，角色们在守护自然的同时，也学习如何守护彼此的情感。最终，故事揭示了一个道理：就像候鸟总会找到归途，人们也能在纷繁复杂的情感中找到属于自己的频率与答案。